Trước đây, Ngọc Long là một xã thuộc huyện Đồng Văn.

Ngày 15 tháng 12 năm 1962, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 211-CP[3] về việc thành lập huyện Yên Minh trên cơ sở tách xã Ngọc Long thuộc huyện Đồng Văn.

Ngày 29 tháng 1 năm 1997, Chính phủ có Nghị định số 8-CP[4] về việc thành lập xã Mậu Long trên cơ sở điều chỉnh 862,50 ha diện tích tự nhiên và 1.331 nhân khẩu của xã Ngọc Long.

Sau khi điểu chỉnh địa giới hành chính, xã Ngọc Long còn lại 8.165,07 ha diện tích tự nhiên và 5.100 nhân khẩu.